Investigando en libros, páginas de internet y a personas que aún viven, el Valle de Catamayo fue escogido para realizar la fundación de la ciudad de Loja por Alonso de Mercadillo, pero por razones de insalubridad, específicamente la existencia del Paludismo o fiebre amarilla debido al mosquito “sancudo”, tuvo que cambiarse de lugar.

Dicho valle fue adjudicado a personas particulares y una buena porción de ella a una comunidad Religiosa (los Jesuitas) quienes la usaban como hacienda agrícola y le daban el nombre de La Toma, por el canal de riego que atravesaba para el trabajo de la agricultura.

Eclesiásticamente fue un barrio de la parroquia San Pedro de la Bendita hasta inicios del siglo XX y tenía una pequeña capilla en el sector de Trapichillo en donde se descansaba con la imagen de la Virgen de El cisne cuando esta salía a Loja.

En 1938, el Municipio de Loja, teniendo como presidente al Ar. Pedro Falconí, se crea la parroquia civil de Catamayo y continuaba perteneciendo eclesiásticamante a San Pedro de la Bendita.

Mediante Auto Episcopal, Mons. Nicanor Roberto Aguirre, erige como parroquia eclesiástica (24 de mayo) el 3 de junio de 1948 bajo el Patrocinio de María Auxiliadora.

El primer encargado de la parroquia fue: el P. Luis Segarra quien inicia los archivos parroquiales con el libro de bautismo del 4 de agosto de 1940 y matrimonios del 23 de julio de 1940. Hasta diciembre de 1945; luego el P. Segundo Maldonado quien gestiona para la erección de la parroquia y se está hasta febrero de 1950. Tercer párroco el P. Matías Espinoza hasta 1954, le sucede el P. Eliseo Arías Carrión hasta 1983. El P. Antonio Armijos presta sus servicios desde enero de 1983 hasta septiembre de 1985, fue el que prácticamente inicio la construcción del actual templo, derrocando el antiguo. Le siguió de inmediato el P. Ángel Tinoco Ruiz, a quien se debe la construcción del Templo, el convento, la casa pastoral, la capilla de Catamaito, e inicio el templo de San José, un sacerdote muy recordado y venerado en este cantón por su don de gentes y su servicio, estuvo hasta 1993.

A Mons. Tinoco se sucedió en la parroquia el P. Cristóbal Espinosa hasta el 2000, recordado en la Vega por su apoyo a la construcción de la Capilla; le remplazo el P. Juan Hidalgo S., hasta el 2006, luego el P. Darío Sarango hasta el 2009.

Como 10mo. Pastor de Catamayo el P. Fausto Lalangui L. inicio su labor pastoral en enero del 2009 hasta diciembre del 2015 siendo el promotor de la construcción del santuario del Señor de la Misericordia en el barrio la Florida. El párroco actual desde enero del 2016 es el P. Hernán Ojeda.

Sus límites son: el cerro Hatillo, por el norte; el río Arenal, por el sur; al oriente, el camino de herradura que desde el sitio Ventanas baja por El Tambo hasta El Huaico; por el occidente, el río Guayabal.

En la presidencia del Sr. A. Jaime Roldós Aguilera, con esfuerzo de personas notables y patriotas y el apoyo muy especial del P. Eliseo Arias Carrión, el 22 de mayo de 1981 se consigue la cantonización; teniendo como primer Alcalde al Sr. Cornelio Cedillo y como párroco al P. Eliseo Arias C.

Catamayo, como cantón tiene una superficie territorial de 649 Km2; como ciudad tiene una temperatura de 20 a 24oC. Con 20.320 habitantes en la parroquia María Auxiliadora y con 5.800 habitantes en la parroquia San José.

Hasta la fecha aún no se ha delimitado de manera específica los límites de la parroquia María Auxiliadora y la parroquia San José.